电子显微镜以其高分辨率著称，能够达到纳米甚至更小尺度的成像能力，这使得科学家们能够观察到原子级别的结构细节，相比之下，光学显微镜的分辨率受限于光波的波长，通常只能达到微米级别，当需要观察细胞器、病毒或分子结构时，电子显微镜成为首选工具。

在使用电子显微镜时，样本需要经过复杂的准备过程，包括固定、脱水、包埋、切片和染色等步骤，这些步骤可能会对样本造成一定的损害，而光学显微镜的样本制备相对简单，甚至可以观察活细胞，这对于需要保持样本活性或进行动态观察的研究来说极为方便。

电子显微镜的操作通常较为复杂，需要专业的训练和经验，设备的维护成本也相对较高，相比之下，光学显微镜的使用门槛较低，更容易被学生和初学者掌握，光学显微镜的成本通常低于电子显微镜，适合预算有限的教育机构和个人研究者。

由于电子显微镜的高分辨率，它在材料科学、生物学和医学研究中发挥着重要作用，特别是在研究纳米材料、病毒结构和细胞超微结构方面，而光学显微镜则广泛应用于教学、临床诊断和常规生物学实验中，其适用性更广。

电子显微镜和光学显微镜各有其优点和局限性，选择哪种显微镜取决于研究目的、所需分辨率、样本性质以及预算等因素，通过对这两种显微镜的深入了解，研究人员可以根据实际情况更合理地规划实验方案，充分利用它们各自的优势来推动科学的进步。