解析度

解析度是衡量显微镜性能的关键指标之一，指的是显微镜能够区分两个相邻点的最小距离，电子显微镜利用电子束代替光线来成像，因此具有极高的解析度，能够达到纳米甚至埃米级别，特别适合观察细胞结构、病毒、蛋白质分子等微观对象，而光学显微镜使用可见光作为光源，其解析度受限于光波的波长，通常在几百纳米到几微米之间，更适用于观察较大的细胞结构和组织样本。

样品制备

样品制备对于显微观察同样至关重要，电子显微镜要求样品必须能够在真空中稳定，且通常需是非导电的，经过一系列复杂的准备工作如固定、脱水、包埋、切片和重金属染色等，这些步骤可能会对样品造成一定的损伤或变形，而光学显微镜的样品制备相对简单许多，大多数生物样本只需简单的切片和染色即可观察，更适合快速检查和活细胞成像。

应用领域

电子显微镜和光学显微镜各自在不同的研究领域发挥着重要作用，由于电子显微镜的高解析度特性，它广泛应用于材料科学、生物学、地质学等领域，特别是在分子和原子级别的结构研究中不可或缺，而光学显微镜则因其操作简便、成本较低，在医学诊断、生物技术、教育和科研等领域有广泛应用，它可以用于观察细胞层次的结构，如病理切片的检查和微生物的观察。

使用成本

在成本方面，电子显微镜的价格和维护费用远高于光学显微镜，电子显微镜的设备复杂，需要专业的维护团队和定期的服务，运行成本也包括消耗品和电力相对较高，而光学显微镜则成本效益更高，设备更加普及和易得，适合预算有限的实验室和教育机构，光学显微镜的操作和维护相对简单，易于上手。

电子显微镜和光学显微镜各具特色，二者的选择取决于具体的研究需求和预算限制，电子显微镜在解析度上具有显著优势，适合进行深入的微观结构研究；而光学显微镜在操作便利性和成本效益上更胜一筹，适合广泛的应用场景，科研人员在选择显微镜时，应综合考虑研究目的、样品性质、预算以及个人或团队的技能水平等因素，以确定最合适的设备。