工具篇丨单细胞APA研究不得不看的——scAPAdb数据库_单细胞atac peakcalling

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选择性聚腺苷酸化(Alternative polyadenylation, APA)是真核基因表达调控的一种机制，是产生相同基因不同的3 UTR (untranslation Region)异构体的关键机制，在影响mRNA稳定性、翻译效率和细胞定位方面起着重要作用，APA介导的UTR缩短/延长参与了一系列生物过程和疾病，如细胞增殖、分化、癌症和神经退行性疾病。

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昨天分享了一个在32种癌症类型的bulk数据中探究SNP对APA事件影响的数据库——SNP2APA数据库（工具篇丨肿瘤突变研究再添利器——SNP2APA数据库，你真的要懂它！），今天继续分享一个单细胞数据水平的APA数据库——scAPAdb数据库（数据库链接：http://www.bmibig.cn/scAPAdb/）。

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该数据库于2022年1月发表在Nucleic Acids Res上，文章标题：scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution（DOI:10.1093/nar/gkab795）。

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数据库收录信息概述scAPAdb数据库提供了6个物种（人类、小鼠和其他几种植物）单细胞水平的poly(a)位点，APA事件和poly(a)信号，合计包含来自74个组织来源、86项研究、263种细胞类型的数据。

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scAPAdb数据库还提供数据批量下载，及通过基因标识符、基因功能、登录号等多种关键字的查询功能

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如何检索主角基因在数据库上方导航栏选择“search”，即可对特定物种中的特定基因进行检索，检索关键词可以是基因名称或基因ID。

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下面我们以“Odf4”基因为例，看一下都有哪些检索结果吧~（1）检索基因名称关键词“Odf4”，则显示全部包含该基因的实验研究（即数据集，均以超链接的形式进行展示），结果显示，合计一个小鼠的研究中包含“Odf4”这个基因。

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（2）点击上述实验研究数据集的超链接，即可初步浏览该基因的简介（包括基因ID，基因描述，转录本ID，GO term），以及该数据库收录的该基因的APA相关信息（包括PolyA site, APA usage, Weighted 3’ UTR length，均以超链接的形式进行展示，点击即可进一步了解详情）。

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（3）点击PolyA site（即poly(A)位点）的超链接，我们可以看到在该数据集（即GEO数据库中的数据集ID，这里的数据集ID是GSE104556）中有两个样本（即GEO数据库中的样本ID，这里的样本ID分别是GSM2803334和GSM2803335）包含该基因。

选择其中一个样本的PolyA site的超链接，进一步查看详情。首先展示的是基因详情及实验研究数据集详情。

其次是该基因中poly(A)位点的覆盖情况“Gene model”显示了基因的模型“PAS”显示了由scAPAtrap算法识别的poly(A)位点的峰值最下面则显示了不同细胞类型中poly(A)位点的reads覆盖情况。

最后，我们可以在单细胞水平进一步查看该poly(A)位点的表达水平。

（4）点击APA usage及Weighted 3’ UTR length的超链接，进一步可以查看单细胞水平该poly(A)的使用情况及加权3’ UTR的长度加权3 UTR长度（WUL）可以量化单个细胞中一个基因或所有基因的动态APA使用，一个细胞拥有更高的加权3 UTR长度（WUL）意味着该细胞中潜在的整体3’ UTR延长。

（5）除直接检索基因外，我们还可以在“experiment”界面，对全部实验研究进行筛选，以便初步判断有无自己所关注的研究方向。

写在最后scAPAdb数据库将为研究APA异构体的细胞间异质性以及不同细胞类型、组织和物种下APA介导的单细胞水平基因调控提供有价值的资源而单细胞APA位点的研究将为研究常见和罕见的细胞类型带来希望，并有助于在单细胞和异构体分辨率下理解动态的基因表达调控。

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/0XloO2KuHv34B8-QhAB8cQ返回搜狐，查看更多责任编辑：